Судоходные водные маршруты на полуострове проложены по рекам Обь, Малая Обь, Надым, Таз и Пур, с общей протяжённостью 3 621 км. Речной вокзал здесь гораздо привычнее, чем в других местах автостанция.
Теплоходы перевозят пассажиров по следующим маршрутам внутри региона: Салехард – Аксарка – Салемал – Панаевск – Яр-Сале – Кутопьюган – Ныда, Салехард – Новый Порт – Антипаюта, Салехард – Шурышкары – Мужи, Салехард – Питляр – Горки – Лопхари – Казым Мыс, Салехард – Катравож, Салехард – Лабытнанги.
За пределы округа действуют такие маршруты: Омск – Тобольск – Салехард и Березово – Салехард – Мужи. Внутренние рейсы осуществляются с 1 июня до 12 октября, между регионами – до 25 октября.
